1.枯萎病。病原为尖镰孢菌荸荠专化型。此病是一种毁灭性病害，受害植株一般不结荸荠，整个生长季节均可发病，尤以成株期受害重，即9月下旬至10月份为发病盛期。病菌以菌丝潜伏在荸荠球茎上越冬。苗期或成株染病茎基部初变褐，植株生长衰弱、矮化、变黄，似缺肥状，以后少数分蘖开始枯萎，终至全株枯死；根及茎部染病，变黑褐软腐，植株枯死或倒伏，局部可见粉红色粘稠物，即分生袍子座和分生孢子；球茎染病荠肉变黑褐腐烂。
2.茎腐病。病原为新月弯孢霉。茎发病呈枯黄至褐黄色，病茎较短而细，发病部位多数在叶状茎的中下部。病部初呈暗灰色，后变为暗色不规则病斑，病健分界不明显，组织变软易折倒，湿度大时病部可产生暗色稀疏霉层。此病一般在9月上中旬生长季节旺盛时发病，10月后病情缓慢或停滞下来。土质瘠薄，土层浅或缺肥，地势低洼，灌水过深易发病。
3.灰霉病。病原为灰葡萄孢。主要发生在采收及贮藏期的荸荠球茎上，多在伤口处产生鼠灰色霉层，即病菌的分生孢子梗和分生孢子，被害球茎内部深褐色软腐。贮藏期湿度大发病重。该病菌以菌丝或分生孢子在荸荠的球茎及病残体上越冬，分生孢子借气流传播，从伤口侵入致病。
防治方法：
1、推行轮作。特别是老产区实行3年以上轮作。选用抗病品种也是防治病害的有效措施之一。
2、加强田间管理。清除田间残萎枯茎。控制氮肥，增施磷钾肥，提高植株抗病能力。注意排灌方式，做到排灌分开，防止串灌，漫灌以防病菌随水流扩散。
3、药剂处理球茎和荠苗。用25％多菌灵可湿性粉剂250倍或50％甲基托布津可湿性粉剂800倍液，在育苗前把种球茎浸泡18--24小时，定植前再把荠苗浸泡18小时，可控制病害。
4、抓住适期喷药保护。生长季节及时检查，发现少量病株即喷药，可用77％可杀得100克兑水50公斤喷雾，或25％多菌灵可湿性粉剂250倍液，或10％世高水分散性颗粒剂1500倍液，始发病时开始喷施，每隔10天一次，连喷2--3次。
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